Na 6 września 1939 r. Kisielewski musiał pewnie oczekiwać bardzo niecierpliwie. Miało się wówczas odbyć prawykonanie jego I Symfonii pod batutą Grzegorza Fitelberga. 1 września pokrzyżował totalnie te plany. Autor symfonii zamiast emocjonować się muzyką próbował bezskutecznie dostać się do wojska. Armii nie był jednak potrzebny. Po 17 września machnął ręką na Wojsko Polskie i powrócił do stolicy. Tam znalazł zajęcie: powożenie rikszą. Woził na przemian kartofle oraz zwłoki do szpitala na ul. Litewską. Z czasem zmienił profesję i udzielał lekcji muzyki. Akompaniował też do ćwiczeń baletowych i gimnastycznych w szkole tańca Stefana Szelestowskiego. Grywał również w jednej z restauracji na Krakowskim Przedmieściu. Miał tam tylko jeden problem. Słuchająca go młodzież domagała się grania jazzu. Rzecz w tym że w konserwatorium raczej unikano tego tematu.
Przez pierwsze dwa lata okupacji zajmował się m.in. konspirowaniem. Działał w organizacji "Grunwald", którą wcielono później do AK. Rok 1942 r. to odmiana w życiu Kisielewskiego, przede wszystkim w prywatnym. Ożenił się z Lidią Hintz. Poznał ją w kuchni dla literatów prowadzonej przez Radę Główną Opiekuńczą. Przychodziła tam ówczesna śmietanka artystyczna stolicy: Karol Irzykowski, Jerzy Andrzejewski oraz Czesław Miłosz. Kisielewski dostał wkrótce etat w Wydziale Kultury Delegatury Rządu Londyńskiego na Kraj. Zawędrował tam do podziemnej rozgłośni radiowej, gdzie wziął udział m.in. w nagrywaniu płyty z pieśniami patriotycznymi. To w tym okresie powstała najbardziej kontrowersyjna powieść Kisielewskiego "Sprzysiężenie". Po wydaniu jej drukiem autora posądzano nawet o sprzeniewierzenie pamięci polskiego września '39, tradycji itd. itp. To już jednak opowieść o dalszych latach życia Kisiela, powiem powieść znalazła wydawcę jakiś czas później.
Kiedy w Warszawie wybuchło powstanie, Kisielewski wziął w pierwszych jego dniach. Został postrzelony a na dodatek stracił kontakt z rodziną. Żona wraz z synem Wacławem zostali wywiezieni w głąb Niemiec. Z czasem również i on sam opuścił Warszawę wraz z transportem ludzi wywożonych do Pruszkowa. Uciekł jednak z pociągu i znalazł się w Skierniewicach gdzie parał się pędzeniem spirytusu. Kiedy Warszawę zajęli sowieci Kisiel ruszył do stolicy.
Tomasz Brzustowski